Niveau d'étude
Bac +4
ECTS
6 crédits
Composante
Sciences Fondamentales et Appliquées
Période de l'année
Semestre 1
Description
Cette UE permet d’appréhender les nouvelles approches en biologie utilisant des outils bio-informatiques.
Une partie des cours et des ateliers abordent les approches de génomique classique (séquençage), de génomique fonctionnelle incluant les nouveaux outils d’édition du génome (CRISPR Cas9), de transcriptomique et régulation de l’expression des gènes, la protéomique et métabolomique et leurs utilisations industrielles et fondamentales, illustrés sur des exemples pris dans le règne végétal (P Coutos-Thévenot).
Une autre couvre l’analyse de données avec une mise en pratique sur Galaxy (Ahmed Moussa, Brigitte Vannier).
Objectifs
Connaitre les principes des techniques Omics (NGS, Transcriptomique, protéomique).
Utiliser les outils web pour analyser visualiser et éditer le génome
Découvrir quelques plateformes couramment utilisées en Bioinformatique : GEO2R, Galaxy, Cytoscape
Heures d'enseignement
- TDTD4h
- CMCM20h
- TPTP6h
- P-CI-TDClasse Inversée - TD2h
- P-Ci-EtuClasse Inversée - Autonomie6h
- P-SJPSimulation et jeu pédagogiques6h
- P-ProjPédagogie par projet6h
Pré-requis obligatoires
L3 Biologie
Programme détaillé
Nouvelles approches en biologie utilisant des outils bio-informatiques.
Une partie des cours abordent les approches Omics sur des espèces végétales (P Coutos).
LES GRANDES APPLICATIONS DE LA GÉNOMIQUE VÉGÉTALE :
- La génomique, les outils de séquençages d’assemblage et d’édition du génome
- La transcriptomique : EST, RNA Seq, macro, microarrays
- La PCR semiquantitative et Quantitative en temps réel
- Les grandes approches de protéomique et métabolomique
- Le métabolisme secondaire des plantes, une source de molécules intéressantes.
- Utilisation de la transgenèse et des outils d’édition du génome en recherche fondamentale et appliquée: application des Omics
- Quelques exemples d’applications dans la valorisation du végétal vis à vis des enjeux sociétaux
Une autre couvre l’analyse de données avec une mise en pratique sur Galaxy (Ahmed Moussa, Brigitte Vannier).
Informations complémentaires
Une Analyse de données sera menée sur plusieurs séances par les étudiants en correspondance avec des tuteurs de l’ENSA de Tanger (Ahmed Moussa et Doctorants).
Compétences visées
Connaitre les approches globales en Biologie et avoir été initié à une ou des plateformes d’analyse.