Génie biotechnologique

ECTS

6.0

Nombre d'heures

50.0

Niveau d'étude

Bac +3

Période de l'année

Semestre 6

Présentation

Objectifs pédagogiques : Apporter aux étudiants les bases et les compétences nécessaires sur les grandes techniques développées et les outils bioinformatiques en Biotechnologies microbiennes, animales et végétales, illustrés autour d’exemples d’applications actuelles en recherche et dans l’industrie du médicament, de la cosmétique et de l’agriculture. Des ouvertures sur la législation, l’éthique et les bonnes pratiques dans un contexte de respect de l’environnement seront appréhendées.

Objectifs

connaissances de base sur la biologie, les biotechnologies et assurer une  formation basée sur une bi compétence Biologie/Informatique à l’interface de plusieurs disciplines. 

Compétences visées

Maîtrise des outils de génie génétique en microbiologie, biologie animale et végétale

Maîtrise des outils de bioinformatique

Appréhender les biotechnologies vis à vis des grands défis sociétaux pour l’industrie et l’agronomie.

Syllabus

Biotechnologie microbienne : 6h CM         4h TD                    7hTP

  • Rappel microbiologie
  • Diversité des microorganismes, Culture des microrganismes
  • Les microorganismes et nous
    • Pathologies
    • Microbiotes
    • Utilisation en agroalimentaire
  • Antibiotiques
  • Résistance
  • Génétique microbienne
  • Rappel de génétique microbienne
  • Mutation
  • Pression de sélection (Auxotrophie, antibiotique,…)
  • Les échanges et acquisitions de matériels génétiques (Transformation, conjugaison, transduction, recombinaison homologue)
  • Exemple d’application industrielle et agroalimentaire
  • Nouvelles stratégies de lutte (Quorum quenching, peptide antimicrobien, vaccin anti bactérien, thérapies par les phages)
  • Exemples d’applications
    • Production d’antibiotiques
    • Production industrielles
    • Production de médicaments
    • La biorémédiation

TD : Exercice d’application des compétences acquises en CM (Pression de sélection, Clonage, Mutagenèse dirigée, Etude de l’expression des gènes, Production et purification de protéine de fusion)

 

Biotechnologies animales : 10h CM            0hTD                     6h TP

  • approches classiques en biologie/approches globales
  • Outils de la bioinfoinformatique/base de données
  • alignement de séquences
  • traitement de données omics ontologie classification
  • visualisation des données

 

Biotechnologies végétales : 8h CM    2h TD    7h TP

  • Les biotechnologies végétales – un domaine en émergence
    • Répondre aux enjeux de l’agriculture et de l’industrie agroalimentaire de demain
  • LA CULTURE IN VITRO, BASES DES BIOTECHNOLOGIES
  • Les outils d’aide à la sélection classique (hybridation sexuée).
    • Augmenter la variabilité génétique existante
    • Réduire les cycles de sélection par croisement sexué
    • Faire du matériel virus free
    • Production de molécules "naturelles" des plantes
  • Les PGMs ou la transformation génétique des plantes
    • Agrobacterium : agent pathogène et vecteur de transformation génétique
    • Mécanismes de transfert naturel de gènes par tumefaciens
    • La transgenèse végétale dirigée par l’homme
    • Techniques de transformation sans régénération via Agrobacterium
    • Approches de transfert direct de gènes
    • PGM : défis sociétaux et risques environnementaux
    • Les gènes annexes de la transformation
      • Les gènes de sélection
      • les gènes rapporteurs.
    • Identification des gènes d’intérêt agronomique et stratégies d’expression
    • Caractérisation moléculaire des plantes transgéniques
    • Caractérisation Physiologique des plantes en serre et aux champs
    • Quelques exemples de transformation génétique.
      • Résistance aux herbicides
      • Résistance aux insectes : la toxine BT

 

TD :       Exercices d’illustration du cours

TP :

  • Transformation bactérienne par choc thermique et électroporation : étude comparative
  • Plateforme GEO2R, plateforme Galaxy, plateforme cytoscape
  • transformation génétique du Tabac par Agrobacterium tumefaciens

Analyse de plantes OGMs : Test GUS (histochimique et fluorimétrique) de la régulation de l’expression d’un gène de LTP par délétions successives de la séquence promotrice. Identification de boîtes-cis régulatrices.

Diplômes intégrant cette UE

Méthode d'enseignementEn présence

Type d'enseignementformation initiale

Composante

Etudiants internationaux

Ouvert aux étudiants en échange

Lieu(x)

  • Poitiers-Campus
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