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Bioinformatique

  • Niveau d'étude

    Bac +4

  • ECTS

    6 crédits

  • Composante

    Sciences Fondamentales et Appliquées

  • Volume horaire

    50h

  • Période de l'année

    Semestre 2

Description

L'objectif de cette UE est de permettre aux étudiants de découvrir les principaux algorithmes utilisés en bio-informatique. Les principaux thèmes abordés porteront d'une part sur les techniques de représentation de l'information, et d'autres part sur les techniques de traitement de l'information.

Une partie des notions seront vues dans un contexte de classe inversée.

 

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Objectifs

Connaissances: Connaître et comprendre les principaux algorithmes utilisés en bioinformatique

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Heures d'enseignement

  • Bioinformatique - A-ATPApprentissage et évaluation entre pairs - TP16h
  • Bioinformatique - TPTP8h
  • Bioinformatique - CMCM12h
  • Bioinformatique - TDTD14h

Pré-requis nécessaires

Algorithmique et Programmation de L3

 

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Programme détaillé

Représentation de l'information :

  • Techniques de représentation des arbres de type phylogénétiques, du code génétique, outils d'indexation .. par des arbres généraux et des forêts
  • Représentation de séquences et de motifs : expressions régulières – Représentation par automates

 

Traitement de l'information

  • Technique de programmation dynamique –
  • Application au calcul de score de séquences, et à l'alignement de séquences (alignement global, alignement local, technique de blast, alignement multiple)
  • Techniques de construction d'indexes
  • Techniques de recherche de motifs
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Compétences visées

Savoir représenter l'information biologique

Savoir programmer les techniques de base

Savoir utiliser un langage de scripts

Savoir découvrir et comprendre de nouvelles techniques au travers une étude bibliographique

Savoir former de futurs utilisateurs à de nouvelles techniques et à leur utilisation

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