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Bio-informatique

  • Niveau d'étude

    Bac +3

  • ECTS

    6 crédits

  • Composante

    Sciences Fondamentales et Appliquées

  • Volume horaire

    50h

  • Période de l'année

    Semestre 6

Description

  • bi compétence Biologie/Informatique
  • les éléments constituant une chaine d'acquisition et de traitement d'images biologiques,
  • l’identification du besoin en traitement d'image (restauration, segmentation...),

 

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Objectifs

Apporter aux étudiants les bases et les compétences nécessaires sur les grandes techniques développées et les outils bioinformatiques en Biotechnologies. Comprendre les principes de traitement et d'analyse des images en biologie et en médecine

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Heures d'enseignement

  • CMCM26h
  • TDTD10h
  • TPTP14h

Pré-requis nécessaires

Connaissances de base sur la biologie, les biotechnologies microbiennes et végétales et les essais cliniques.

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Programme détaillé

Bio-informatique : 10h CM           0hTD                     6h TP

  • approches classiques en biologie/approches globales
  • Outils de la bio-informatique/base de données
  • alignement de séquences
  • traitement de données omics ontologie classification
  • visualisation des données

Imagerie du Vivant : 6h CM  6h TD

  • Imagerie médicale : Principes et outils (Rayon X, imagerie nucléaire d’émission, imagerie par résonnance magnétique, ultrasons …), applications biomédicales et innovations
  • Imagerie biologique : La fluorescence et propriétés des fluorochromes, La microscopie de fluorescence, Utilisation des sondes fluorescentes dans la mesure du calcium intracellulaire

 

Traitement d'Images : 10h CM - 4h TD - 8h TP

  • traitement de l'image : introduction générale, traitements bas-niveau de restauration (opérations sur histogrammes, filtres linéaires et non-linéaires),
  • analyse d'image : segmentation, détection de contours
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Compétences visées

  • Maîtrise des outils de bioinformatique
  • Acquérir les compétences pour analyser et interpréter correctement les images biologiques.
  • Maîtriser les outils fondamentaux en traitement et analyse d'images,
  • Mettre en œuvre un algorithme de traitement d'images à partir d'une spécification,
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